Pomysł „Pociągu Papieskiego” swoje źródło miał w idei „Szlaku Papieskiego”. W dniu 2 kwietnia 2005 roku, o godzinie 21:37, w Watykanie zmarł największy z Rodu Słowian Jan Paweł II Wielki, papież kościoła Rzymsko-Katolickiego. Po odejściu Jana Pawła II do domu Ojca, zrodził się pomysł połączenia kolejowego miejsc najbardziej bliskich Ojcu Świętemu: Kraków, Łagiewniki, Kalwaria Zebrzydowska…